HTPC机箱狭小的空间内要塞入如此多的配件，工作时产生的热量需要及时排出，这是机箱结构显得尤为重要。
机箱结构方面一定要注意：将所有配件全部装入以后，要能有顺畅的进风口、出风口，只有这样，才能让机箱内部的热量及时排出，要有加强的散热装置，镂空设计和机箱风扇安装位置也很重要。总之，大家选购的时候先想想安装了配件后热量怎么能够从箱体内排出，多想想，再看看别人的组建实例，就能够大体知道这款机箱结构是否适合散热。机箱风扇不是越多越好，越多的风扇意味着越大的噪音，一般控制在2个以内比较适合，风扇口径越大越好，越大意味着越低的转速，越低的噪音。HTPC不是游戏机，散热和性能都以够用就好，如果温度在可接受范围内，高一点也没关系。
机箱需要散热的部分无非就那么几个：显卡（如果有），主板芯片组，CPU。如果能够采用被动散热的绝对不用主动散热。南北桥可以用热管连接，然后在北桥处覆盖大面积的散热片。万不得已才能到北桥散热风扇，因为北桥的风扇一般都采用小口径高转速设计，工作时噪音较大，尽量避免。适合于HTPC的显卡比如HD4350/9300gs大部分都采用被动散热，借助机箱风道就能完成散热。CPU散热方面，如果机箱高度允许尽量采用侧吹式散热器，高效，稳定，不会产生乱流。如果机箱高度较小只能采用矮版散热器或者异形散热器。
这种散热器可以将热量从一端转移到另一段，然后在由众多的鳍片散发。如果你经常拆解笔记本就不会对这样的热管散热器感觉奇怪。
